Actualmente el CEJIS trabaja con pueblos indígenas de la Chiquitanía, Chaco, la Amazonía Norte y Sur, pueblos originarios de tierras altas, campesinos de Santa Cruz y Pando, en defensa de sus derechos y reivindicaciones, brindándoles apoyo social y asesoramiento jurídico y con las familias campesinas sin tierra de Santa Cruz y el Chaco de Tarija.