Bolivia nació como un Estado unitario y centralista, eso en la práctica significó que las decisiones políticas, administrativas, económicas y sociales siempre sean manejados desde el gobierno central.

A fines del Siglo XIX comenzaron en el país los primeros intentos de impulsar un sistema federal y desde entonces diversos sectores reclamaron autonomía en distintas formas. Actualmente y a partir de la promulgación de la Nueva Constitución Política del Estado en febrero de 2009, esto comenzó a concretarse.

En ese sentido, Cejis se propone contribuir al ejercicio de la autonomía indígena originaria campesina en articulación con los diferentes niveles del Estado Plurinacional.
La meta de largo plazo tiene que ver con promover el marco social, político y jurídico para el ejercicio del derecho a la autonomía, basado en experiencias comunitarias.