El CEJIS desde la perspectiva de los derechos humanos se pretende contribuir a la sostenibilidad de la labor de su propio desarrollo, potenciar la capacidad de acción efectiva de la población, especialmente de los grupos más afectados, para participar en la formulación de políticas, y hacer responsables a los que tienen la obligación de actuar, para lograr el objetivo principal que es la realización de los derechos humanos.
En este marco, el CEJIS desde su fundación ha acompañado a los sectores más vulnerables de la sociedad, para el ejercicio de sus derechos humanos. Desde las etapas de la demanda de titulación de las TCO´s hasta las consolidación de las primeras autonomías indígenas.
El CEJIS también trabaja en la actualidad en la proposición de normativas nacionales con la finalidad de profundizar los derechos conquistados de las poblaciones más vulnerables así como en el litigio internacional de casos de vulneración de derechos. En ese sentido el CEJIS viene trabajando en coordinación con diferentes instituciones para lograr objetivos comunes: la defensa de los Derechos Humanos.